В первый день визита, в Императорском дворце, состоялась встреча Главы государства и его супруги Айгуль Жапаровой с Императором Нарухито и Императрицей Масако. Также прошло знакомство с членами Императорской семьи и делегацией Кыргызской Республики.
Во время визита были также проведены встречи с председателем парламента Японии Фукусиро Нукага и управляющим Японского банка по международному сотрудничеству (JBIC) Нобумицу Хаяси. Обсуждались вопросы развития межпарламентских отношений и укрепления партнёрства с Японией, включая привлечение авторитетных финансовых институтов.
Во второй день визита Президент Жапаров и Первая леди Айгуль Жапарова посетили г. Киото, прибыв на скоростном поезде Шинкансен. Здесь состоялась встреча с губернатором префектуры Киото Такатоши Нишиваки, который выразил уверенность в дальнейшем улучшении двусторонних отношений.
В древней столице Японии Президент и Первая леди приняли участие в чайной церемонии и попробовали традиционный ароматный напиток. Также они прогулялись по императорскому саду «Сэнто» вокруг пруда и Президент оставил запись в книге почётных гостей.
По возвращении в г. Токио, 20 ноября, Президент Жапаров провёл ряд деловых встреч, включая встречи с представителями японской бизнес-ассоциации «РОТОБО», Японской организации внешней торговли JETRO, компании «Metarise Japan», JICA и главой Японской ассоциации туристических операторов JATA.
Президент также дал интервью Японскому общенациональному каналу NHK, где подробно рассказал о развитии сотрудничества между Кыргызстаном и Японией.
Во второй половине дня, в резиденции Премьер-министра, состоялась церемония официальной встречи Президента Кыргызстана с Главой Правительства Японии Фумио Кисида. Лидеры провели двусторонние переговоры и обсудили перспективы сотрудничества между двумя странами. В то же время, Первая леди Кыргызстана Айгуль Жапарова встретилась с супругой Премьер-министра Японии Юко Кисида.
Далее состоялась церемония подписания и обмена двусторонними документами, а также совместное заявление лидеров для СМИ о результатах переговоров.В заключение, Президент Жапаров и его супруга приняли участие в официальном приёме от имени Премьер-министра Японии Фумио Кисида.
Утром 21 ноября, завершив официальный визит, Президент Садыр Жапаров вернулся в г. Бишкек.